2. Epoche 1933 - 1945
Diese erfreuliche Phase endete 1933 mit der Übernahme der gesamten politischen Gewalt durch den Nationalsozialismus. Die Vollzugsgestaltung war hart und schikanös. Möglicherweise starben Gefangene auch an den Haftbedingungen. Hinrichtungen fanden in der Anstalt I nicht statt; die Zweiganstalt II diente aber als Durchgangsstation für zum Tode Verurteilte.
Die Vollstreckung dieser Todesurteile erfolgte oftmals im damaligen Protektorat Böhmen und Mähren in der Anstalt Prag - Pankrac.Tschechische Widerstandskämpfer wiederum brachten die Machthaber auf deutsches Territorium, um diese hier hinzurichten. Bautzen diente diesbezüglich als Zwischenstation. Führende Offiziere des Prager Widerstandes wurden zeitweilig hier inhaftiert. Vier derartige Fälle sind nachweisbar. Der prominenteste Inhaftierte war Frantisek Machnik, der Verteidigungsminister der ersten Tschecheslowakei von 1935 - 1938. Er befand sich vom 13. Juli bis zum 16. Dezember 1943 in Bautzen. Von hier erfolgte die Überführung nach Dresden und von dort nach Dachau, wo er am 29. April 1945 von der Siebenten Amerikanischen Armee befreit wurde.
Der nationalsozialistische Staat versuchte Ansehen zu gewinnen, indem er inländischen und ausländischen Besuchern Bautzen bis etwa 1941 als - scheinbares - Vorzeigegefängnis präsentierte. Politische Gefangene wurden in Bautzen insbesondere in der Anfangszeit und in der Endzeit des Nationalsozialismus untergebracht. Bevor der namhafteste von ihnen, Ernst Thälmann, vom 11. August 1943 bis 17. August 1944 hier inhaftiert war und dadurch weiter bekannt wurde, war der Ruf der Anstalt längst gekippt. In den dreißiger Jahren gehörte Bautzen I zu den sieben größten Gefängnissen in Deutschland und mit der Zweiganstalt II zu den drei größten.